در سال 597 خورشیدی، سلطان محمد خوارزمشاه با سه نفر از سفیران چنگیزخان، رهبر امپراطوری مغول، دیدار کرد. فرستاده‌ها هدایایی بسیار ارزشمند پیش‌کش کردند و مهم‌تر از همه، پیشنهاد معاهده‌ای بین دو قدرت را دادند که امکان باز شدن جاده‌ی پرمنفعت ابریشم را برای چین و اروپا فراهم کند. امپراطوری خوارزمشاه بسیار گسترده بود و ایران، افغانستان، تاجیکستان و ازبکستان امروزی را در برمی‌گرفت. پایتخت پادشاهی، سمرقند، ثروتی افسانه‌ای داشت که نمادی از قدرت پادشاده بود و تجارت پررونق جاده‌ی ابریشم، به ثروت خوارزمشاه می‌افزود. از آنجا که هدف مغول ها مشخص بود، شاه نیز در این تجارت شریک شد و معاهده را امضاء کرد.
چند ماه بعد کاروانی از تاجران مغول به شهر اُترار، در شمال شرقی امپراطوری، با هدف خرید وسایل تجملاتی برای دربار مغول وارد شد. فرماندار اُترار به حضور جاسوسان در کاروان شک کرد، آن ها را کشت و تمام کالاهایی را که خریداری کرده بودند، تصاحب کرد. با شنیدن این سرپیچی از معاهده و هتک حرمت به کاروان، چنگیزخان سفیری را به همراه دو سرباز فرستاد تا مراتب عذرخواهی شاه را بشنوند و یادآوری کنند که طبق معاهده بین دو امپراطوری، آنها از این تجارت سودی یکسان می‌برند. پادشاه سر سفیر را جدا کرد و برای چنگیزخان فرستاد که البته این دیگر به معنای جنگ بود.
شاه نترسید. ارتش او شامل چهارصدهزار نفر از سواره نظامان ورزیده و دست کم دو برابر تعداد نفرات دشمن بود. شاه از شکست دادن مغولان مطمئن بود و تصور می‌کرد آنها به قسمت به ماوراء النهر در قسمت شرقی پادشاهی حمله کنند. ماوراء النهر سرزمینی به پهنای 800 کیلومتر است که از شرق به رود سیحون(سیردریا) و از غرب به رود جیحون(آمودریا) احاطه می‌شود که از شمال به کویر پهناور قزل‌قوم منتهی می‌گردد و دو شهر مهم پادشاهی یعنی سمرقند و بخارا را در خود جای داده بود. شاه تصمیم گرفت که یک کمربند محافظتی در کنار رودخانه سیحون مستقر کند، یعنی جاییکه مغول ها برای حمله به پایتخت مجبور به عبور از آن بودند. آنها نمی‌توانستند از بخش شمالی عبور کنند، زیرا کویر پهناور صعب العبور در مسیرشان قرار داشت و در جنوب هم موانع طبیعی کوهستانی مانع عبور آنها می‌شد. او با استقرار ارتش خود در ماوراء النهر، موقعیت دفاعی رسوخ ناپذیری داشت و برتری نیروهایش نسبت به سربازان دشمن قابل توجه بود. از این رو منتظر ورود مغول ها بود تا آنها را در هم شکند.
در تابستان 598 خورشیدی، دیده‌بانان گزارش دادند که مغول ها از مسیر جنوبی سیحون و از راه دره فرغانه نزدیک می‌شوند. شاه یک نیروی بزرگ به فرماندهی فرزندش جلال الدین برای نابودی دشمن فرستاد. مغول ها پس از نبردی شدید، عقب نشینی کردند و جلال الدین به پدرش گزارش داد که ارتش مغول برخلاف آوازه‌اش چندان ترسناک نیست. سربازانشان ضعیف و رنگ پریده و اسب هایشان لاغر و رنجور بودند و به نظر می‌رسد هیچ کدام اشتیاقی به ادامه جنگ ندارند. به اعتقاد شاه، مغول ها توانایی مقابله با ارتش او را نداشتند. در نتیجه، سربازان بیشتری را در انتهای جنوبی کمربندی قرار داد و منتظر ماند.
چند ماه بعد یک گردان مغول به شهر اُترار شبیخون زده و فرماندار را دستگیر کردند. همان مردی که به بازرگانان مغول هتک حرمت کرده بود، او را کشتند و نقره‌ی مذاب در چشم و گوش هایش ریختند. شاه از راهی غیرمنتظره سربازان را به سوی شمال تغییر مسیر داد؛ به زعم او شاید مغول ها سریع حرکت کنند ولی نخواهند توانست بر یک ارتش قوی با نفرات بسیار چیره شوند.
با وجود این، اندکی بعد دو ارتش مغول، از جنوب اُترار به موازات سیحون عبور کردند. یکی از ارتش ها، به فرماندهی، جوجی خان، به شهرهای مهم در امتداد رودخانه حمله کرد، در حالیکه ارتش دیگر به فرماندهی جبه نویان، در جنوب ناپدید شد. ارتش جوجی خان مانند ملخ به تپه‌ها و دشت های نزدیک رودخانه هجوم آورند. شاه بخش بزرگی از ارتش خود را به رودخانه منتقل و نیروهای ذخیره‌ی خود را در سمرقند حفظ کرد. ارتش جوجی خان نسبتا کوچک بود، در حدود بیست هزار سرباز، با این حال بسیار تهاجمی بود و یکی پس از دیگری، بدون هشدار قلعه‌ها را سوزانده و ویرانی به بار می‌آوردند.
در همین حال، گزارش‌های رسیده از خط مقدم به شاه، ورود جنگجویان عجیب و غریبی را از شرق اعلام می‌کرد که همه سواره نظام بودند. هر مغول نه تنها سوار بر اسب بود، بلکه چندین اسب بی سوار را به دنبال خود می‌کشید، همه‌ی اسب‌ها مادیان بودند و هنگامی که یکی از آنها خسته می‌شد، سرباز، سوار بر اسبی تازه نفس می‌شد. مغول ها با ارابه‌های سبک آذوقه خود را حمل کردند، شیر و خون مادیان را نوشیدند و اسب‌های ضعیف و زخمی را کشته و خوردند. آنها می‌توانستند دوبرابر سریعتر از دشمن خود حرکت کنند، تیراندازی‌شان فوق‌العاده بود. می‌توانستند هنگام پیش‌روی یا عقب نشینی تیرهای آتشین را با مهارت و چالاکی بیندازند و حملاتشان به مراتب مهلک‌تر از آن چیزی باشد که ارتش شاه تاکنون دیده است. دسته‌های آنها در فاصله‌های زیاد با پرچم‌ها و مشعل ارتباط برقرار می‌کردند و مانورهایشان هماهنگ و تقریبا پیش‌بینی‌ناپذیر بود.
با این آزار و اذیت‌های فرسایشی، نیروهای شاه بیش از پیش خسته می‌شدند. اینک به طور ناگهانی، ارتشی که به فرماندهی جبه نویان، در جنوب ناپدید شده بود، از شمال غرب به سمت ماوراء النهر سرازیر شد. شاه آخرین نیروهای کمکی خود را که ارتشی با پنجاه هزار سرباز بود، به جنگ با جبه نویان فرستاد. شاه چندان هم نگران نبود، زیرا مردانش برتری خود را در نبرد دره فرغانه اثبات کرده بود.
اما این بار شرایط متفاوت بود. مغول ها سلاح های عجیب و غریبی داشتند: تیرهای آغشته به قیر گداخته که پشت سرشان دود بلند می‌کرد و سواران سبک و سریعی که رعدآسا می‌تاختند، خطوط ارتش شاه را می‌شکافتند و راه را برای سواره نظام مسلح می‌گشودند. ارابه‌ها در پس و پیش خطوط مغول ها به سرعت حرکت می‌کردند و تجهیزات به آنها می‌رساندند. نیزه‌های مغول ها آسمان را پوشانده بود و فشار بی‌امان و بی رحمانه وارد می‌کرد. آنها پیراهن ابریشمی سنگینی بر تن داشتند که اگر تیری پیراهن را می‌شکافت، به گوشت نمی‌رسید و به سرعت لباس خود را عوض می‌کردند. ارتش جبه نویان، نیروهای شاه را نابود کرد.
شاه تنها یک راه داشت: عقب نشینی و بازسازی تدریجی ارتش. او شروع به آماده سازی کرد، اما در این میان، اتفاقی باورنکردنی افتاد: یک ارتش به فرماندهی چنگیزخان ناگهان بیرون دروازه های شهر بخارا واقع در غرب سمرقند اردو زدند.
آنها از کجا آمده بودند؟ آنها نمی‌توانستند از کویر قزل‌قوم در شمال عبور کرده باشند. ظاهرا از کویر گذشته بودند؛ ولی غیرممکن بود؛ مگر اینکه شیطان آنها را جادو کرده باشد. بخارا خیلی زود سقوط کرد و چند روز بعد سمرقند تسلیم شد. سربازان فرار کردند و فرماندهان نگران بودند. شاه، بیمناک برای زندگی‌اش، با تعداد انگشت شماری از سربازان فرار کرد و مغول ها سرسختانه او را تعقیب کردند. چندماه بعد در جزیره‌ای کوچک در دریای خزر، تنها کسی که جان سالم به در برده بود، با لباسی ژنده، غذا گدایی می‌کرد. او کسی نبود جز حاکم پیشین ثروتمندترین امپراطوری شرق که سرانجام از بیماری و گرسنگی درگذشت.
در مورد استراتژی برتر نظامی چنگیزخان در مقابل پادشاهی ایران در کتاب 33 استراتژی جنگ، رابرت گرین.صفحه 406 بیشتر بخوانید.
اگر می‌خواهید در مورد این تاریخ عبرت آموز و خونبار بیشتر بخوانید به صفحه حمله مغول به ایران در ویکپدیا مراجعه کنید.